函館と本州を繋ぐフェリーは「函館⇔青森」航路（津軽海峡フェリー・青函フェリー）と「函館⇔大間」航路（津軽海峡フェリー）の2つが就航しています。函館⇔青森間は約4時間弱、函館⇔大間間は約90分です。津軽海峡フェリーターミナルからは函館駅へ20分ほどで運んでくれるシャトルバス（大人310円、小人160円）が出ています。
津軽海峡フェリーから函館駅前方面のシャトルバスについては函館タクシー株式会社（函館帝産バス）に時刻表や運賃など詳細情報が。青函フェリー前と上湯川町はじめ市内各所を結ぶ路線バスが北海道バスにより運行されています。
所要時間と運賃（上・オフシーズン／下・オンシーズン）
| 出発地 | 運行会社 | 時間 | 1日／便 | 車両運賃 | 旅客運賃 |
| 青森 | 青函フェリー | 約3時間50分 | 8便 | 15,600円 19,500円 |
2,200円 ～2,700円 |
| 津軽海峡フェリー | 約3時間40分 | 8便 | 18,760円 ～26,100円 |
2,660円 ～3,650円 |
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| 大間 | 津軽海峡フェリー | 約1時間30分 | 2便 | 15,000円 ～20,870円 |
2,160円 ～2,970円 |
観光オンシーズンや帰省時期には混雑のため希望する席や車両枠が確保できない場合があるので、ぜひ空席確認・予約をおすすめします。津軽海峡フェリーのウェブサイトではインターネット予約に対応しています（2023/4現在）。
また、運賃は季節により変動があります。お出かけ前には公式サイトでご確認を。
※車両運賃は車両+運転者1名の料金。最新運賃や詳細は各社にお問合せください。
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函館の海の玄関口、2ヶ所のフェリー乗り場マップ
函館港から発着するフェリーは「津軽海峡フェリー」「青函フェリー」の２社。フェリーターミナルはそれぞれ少し離れています。